1998年12月，齊達內先後榮膺1998年度歐洲金球獎、法國足球先生、歐足聯俱樂部最佳中場、《世界足球》雜誌評選的世界年度最佳球員。1999年1月4日，齊達內被《隊報》評為1998年度世界最佳運動員。2月1日，齊達內被評選為1998年度國際足聯世界足球先生。1998-99賽季，齊達內狀態低迷，整個賽季在40場比賽中只打進2球，尤文圖斯最終位列意甲聯賽第6名，從而無緣1999-00賽季的歐洲冠軍盃賽事。
1999年10月17日，尤文圖斯在意甲第6輪聯賽中1比0戰勝羅馬，齊達內在比賽的第50分鐘打進位制勝球，但隨後在比賽臨近尾聲時被紅牌罰下。8月，齊達內幫助尤文圖斯在歐洲足聯國際託托杯兩回合決賽中以4比2的總比分戰勝雷恩奪得冠軍，尤文圖斯為此獲得了該賽季參加歐洲聯盟杯的資格。2000年1月23日，在意甲第18輪聯賽中，尤文圖斯2比0戰勝雷吉納，齊達內在比賽的第64分鐘扣過三名後衛打進一球，這粒進球被評為了當年意甲的最佳進球之一。1999-00賽季，齊達內代表尤文圖斯在各項賽事中出場41次，打進5球，尤文圖斯在意甲聯賽末期遭遇崩盤，獲得聯賽亞軍。
2000年9月，齊達內與尤文圖斯續約至2005年。12月11日，齊達內以領先第二名41票的優勢職業生涯第二次當選國際足聯世界足球先生。2001年5月6日，意甲第29輪，在尤文圖斯對陣羅馬的爭冠關鍵戰役中，齊達內在比賽的第6分鐘打進一球，幫助尤文圖斯以2比0領先，但羅馬隨後在下半場第79分鐘以及傷停補時階段連進兩球，尤文圖斯最終以2比2戰平羅馬，從而失去了爭冠主動權。2000-01賽季，齊達內代表尤文圖斯在各項賽事中出場39次，打進6球，榮膺意甲聯賽賽季最佳球員、最佳外援、助攻王。
皇家馬德里時期:
2001年7月9日，齊達內以6450萬美元的身價從尤文圖斯轉會至西甲皇家馬德里足球俱樂部，這一轉會費打破了此前路易斯·菲戈在2000年7月所保持的5610萬美元的世界足壇轉會費記錄，齊達內成為了當時世界上身價最高的足球運動員。
2001年8月25日，在皇家馬德里0比1負於瓦倫西亞的西甲首輪聯賽中，齊達內首次代表皇馬在正式比賽中亮相。2002年5月15日，皇家馬德里在歐洲冠軍聯賽決賽中以2比1逆轉戰勝勒沃庫森奪得冠軍，齊達內在比賽的第45分鐘攻入一記凌空怒射，幫助皇家馬德里反超比分，並被評為決賽最佳球員。2001-02賽季，齊達內代表皇家馬德里在各項賽事中出場49次，打進12球，助攻15次，榮膺2002年度法國足球先生、歐洲足聯俱樂部最佳球員、入選2001年度歐足聯最佳陣容。